На базе музея регулярно проводятся научно-практические конференции:

Татищевские чтения

Впервые чтения памяти одного из основателей Екатеринбурга, В. Н. Татищева, состоялись в ноябре 1997 года, в преддверии 275-летия города, по инициативе Общества уральских краеведов (председатель – профессор В. М. Слукин) и Краеведческого музея. С 2012 года в оргкомитете – директор Фонда им. Д. С. Лихачева и Института Петра Великого (Санкт-Петербург) А. В. Кобак. Всероссийский историко-краеведческий форум собирает десятки исследователей экономической и социокультурной истории Урала, других регионов России, прежде всего, тех, где жил и трудился В. Н. Татищев: Москвы, Оренбурга, Перми, Астрахани, Тольятти.

Берсовские чтения

Всероссийская научно-практическая конференция по археологии, посвященная уральским исследователям Елизавете Михайловне Берс и Александру Андреевичу Берсу, проводится с 1990-х годов. Тематика конференции включает в себя новые открытия уральских археологов, итоги полевых исследований памятников Большого Урала, изучение коллекций и отдельных раритетов, хранящихся в музеях края (в том числе и памятников, раскопанных Е. М. и А. А. Берсами), музееведческие проблемы (археологические экспозиции, создание выставок, каталогов), естественно-исторические методы, применяемые в археологии. Доклады представляются в русле научных интересов А. А. Берса и научной специализации Е. М. Берс. Проводятся раз в три–пять лет. По итогам конференции издаются сборники докладов.

Романовские чтения

Чтения, посвященные различным аспектам роли монархии и самодержавия в нашей стране, итогам расследования «Царского дела», памяти последнего Российского Императора, проводятся музеем совместно с Фондом «Обретение» с 1993 года. В последние годы чтения работают в двух городах – Екатеринбурге и Алапаевске, тесно связанных с темой расстрела царской семьи, их приближенных и великих князей.